故事是围绕着一名叫“林惠明”的十七岁女子发生，她是一名黑帮头目的女儿，因为这个特殊的身份，林惠明经常受到其他人的袭击，而这游戏的主角HANA、GLAS和DEKE也打着林惠明的主意，他们三人原是雇佣兵出身，这次的行动最大目的，就是要利用林惠明，勒索黑帮头子一笔可观的赎金，但是HANA他们势估不到除了要捕捉这名身份神秘的女子外，更要面对一股神秘的力量……
怎样储存游戏资料？
其实这个游戏和《生化危机》系列的冒险游戏十分相似，玩家需要到达一定的地方才能储存资料，但是《FEAR EFFECT》却可以不限次数的进行储存，首先当角色到达特地的位置时，在画面的右下方会出现一个SAVE的标志，这时大家便要使用道具栏中的通讯器“CELLULAR PHONE”，这样便可以进行储存，但是储存的次数最多只得四个，玩家一定要小心使用。
怎样恢复体力？
玩家在进行游戏的时候，是不是发觉只能从敌人身上取得武器与及一些解谜必需的道具，但是回复全力用的道具却完全没有出现。因为这游戏根本没有回复体力用的道具。而唯一能够回复体力的方法，就是完成一定的游戏进度，这样游戏便会替角色自动回复消耗了的体力，所以大家在进行游戏时应该要非常留意自己的体力，否则后悔也来不及了。
攻略正式展开
林氏企业大厦
为了找到林惠明，HANA和GLAS需要找寻一名叫JIN的人，他手上有一张能够得知林惠明现时位置的资料碟，但是JIN这时已被另一个同样在打林惠明主意的组织“林氏企业”捉走了，于是HANA和GLAS便立即赶往林氏企业大厦，看看能否找到JIN以取得有关林惠明的资料。
潜入
利用直升机来到“林氏企业大厦”，HANA会先进入大厦内部调查，在沿途会有数名敌人出现，大家可以趁这机会熟悉战斗的方法，在进入大厦后会来到一条楼梯前，但是通过楼梯旁边的窗子，HANA会看见房里有一个开关，利用手枪将玻璃打穿便可以走进里面，除了可以将开关启动之外，更可以在这儿取得一个保险丝，之后便可以爬上窗户旁的楼梯了。在楼梯上大家会看到一个螺旋把手，将它转动便可以喷出蒸气，将另一方楼梯的守卫热死（如果没有杀死这守卫，HANA在爬上楼梯后必会被他所杀），而在他的身上更可以获得一条GATE KEY。
用GATE KEY将通道前的闸门打开，再把两名守卫击倒，便能取得一条RED KEY，利用RED KEY将通道前方设有一部红色装置的门打开后，便会来到一个类似警卫室的房间，将里面的敌人击倒后，便可以从萤光幕中看到JIN正被林氏企业的人严密守着，于是HANA便继续前进，来到一个货仓时，HANA会在这里拾到一条LOCKER KEY，将这条钥匙带回警卫室，并用它将里面刻有六十七号的的储物柜打开，便可以取得里面的BLUE KEY，以及一支手枪，现在HANA能够同时使用两支手枪，攻击力得到加强。
解救JIN
玩家返回之前在取得储物柜钥匙的地方继续沿着路往下走，在那儿玩家可以在墙上看到一个电压箱，将早前拾到的保险丝放进去，便能令这儿的电压回复正常，于是可以使升降机重新运作，但是当打算返回那儿时，有一段路会附有高压的电力，玩家需要趁这些高压电力消失时才可以继续前进。利用电力回复正常的升降机来到上层，就可以在巨型抽气机旁的工具箱中，取得一个剪钳，再继续前进会来到一扇设有蓝色装置的门，利用BLUE KEY将它打开，便会在里面发现JIN，以及多名林氏企业的下属，其中一名光头汉先行逃去，于是只要将余下的敌人击倒后，便可以看到JIN这时已被林氏企业的人在身上装置了一个炸弹，如果在限时内不能解除，JIN便会炸个粉碎，于是HANA便立即寻找拆弹的方法了。
其实拆弹的方法好简单，玩家首先需要以剪钳来调查炸弹，这时便会进入拆弹画面，在这里玩家可以看到三组线，每一组线都连着一个按钮，玩家只需要以按钮的颜色，剪下每组线中的其中两条：紫色的按钮需要剪下红色和蓝色线，橙色按钮就剪红和黄，而绿色按钮就剪黄和蓝，这样炸弹便会停止运作（其实之前可以在巨型风扇的附近可看到提示）。但是当JIN说出资料碟的位置时，他已被那个光头汉暗杀了，于是HANA便立即追赶，可是发现已经再没有任何通道出去，于是HANA便决定用之前从JIN身上取得的炸弹，将通道上一直被锁上的门炸开，返回到原来那个通道上。
光头汉之战
当HANA返回高压电流通道并继续往前走时，在通道的尽头会发现一条逃生用的通道已被人打开，相信光头汉一定经过这儿，HANA当然紧追着沿楼梯爬上去，这时HANA会来到一个巨大的招牌前，进入招牌左方的房间，便会遇上暗杀JIN的光头大汉，这时HANA需要和他进行战斗，在战斗中只要被他看见，他就立即作出攻击，但是要攻击光头汉的机会，就只有当他攻击和攻击后的一刹那，其他时间就算向他攻击也不会使他受到任何的损伤，所以在这场战中大家应该好好运用“滚地移动”这动作，配合场中央的两部机器，首先应站在两部机器之间的上方或下方，那么待光头大汉由对面走近并对HANA攻击时，立即滚至机器的后方，这样便能利用机器挡住子弹，之后再滚回原位再对光头汉作出攻击，这样可以令他受到伤害，只要依照这方法战斗便可以轻易把它击倒。
当把光头汉击倒后，HANA会在他倒地之处拾得一条SIGN KEY，利用这钥匙启动左方的机器，但会出现一个密码输入画面，大家需要输入密码“林氏企业”，便可以将下方的保险箱打开，正当HANA打算取走资料碟时，背后已经有人用枪指着她了……
被狙击的GLAS
这时镜头一转来到GLAS那儿，由于HANA实在去得太久了，所以GLAS便决定亲自前去看个究竟，但是当他打算将升降机移至上层时，一部直升机竟从GLAS的后方出现，并把GLAS驾驶的直升机炸毁 ，之后直升机会继续对GLAS作出攻击，这时大家要立即利用楼梯跑到上层，否则便会立即死去，在上层只需将数名敌人击倒，便会来到HANA射穿玻璃的楼梯处，当GLAS沿楼梯爬上去后会立即受到直升机攻击，这时应该不断向前跑，这样应该刚好能跑至楼梯的另一端（但在跑上楼梯前大家应该将枪收起，否则是躲不过直升机的攻击），沿楼梯爬上去，GLAS会拾得一只铁棍，利用铁棍将画面下方的气缸打穿，之后用手枪射向气缸，这样便能令气缸爆炸并出现一条新的通道（但是在开枪射气缸时玩家千万不要走得太近，否则便会被气缸炸死），但是当GLAS打算看看下方的情况时，通道突然倒塌下来，而GLAS则掉进下方的深处。
恶战
回看HANA那儿，她正被士兵用枪挟持着，但这时楼上突然发生巨响，于是HANA便趁机甩脱士兵，但是士兵仍然会对HANA紧追不放，于是HANA便要利用士兵遗留下来的小刀将士兵杀死，在这战中虽然只需应付一名士兵，但是HANA的武器就只有一把小刀，所以难免会受伤，把士兵击倒后继续向前走，正当爬上楼梯准备逃生时，后方突然又出现一名老人，原来他就是林氏企业的首领林先生，他会命令士兵将HANA捉住，在人多势众的情况下HANA唯有束手就禽。
大难不死
这时游戏会返回GLAS处，本来他在高处掉下来必死无疑的，但幸好他能够及时抓着四周的铁网叉，才能成功地幸活下来，这时他会身处在一些通风道之上，虽然GLAS可以利用这些通风道出去，但是这些通风道经常会发出非常强劲的热力，如果连续受到这些通风道的热力所伤两次，GLAS便会立即死去，所以在移动时一定要非常之小心。首先玩家需要向着左方的通风口前进，当来到尽头时会发现一个螺旋把手，把它转动后左方通风道的出口便会打开，如果利用右方的通风道离开这儿时，会有一架战斗机对GLAS作出攻击，虽然它的机枪十分之厉害，但是攻击范围并不广泛，所以要避开的话并不是难事，但是在攻击战斗机时，玩家并不是要瞄准它，而是要瞄准四周的旗帜，当LOCK ON的标志出现时便立即对它作出攻击，这样便能令旗帜卷进战斗机的引擎并使它受到伤害，只要将两只旗帜卷进战斗机中，便能把它击倒。
逃离
击倒战斗机后GLAS会来到GIN之前被枪杀的地方，HANA也是在这儿被人捉走了，而GLAS的目的地就在这儿，沿着逃生通道的楼梯往下爬，会看到林先生打算对HANA下杀手，当然GLAS抢时间替她解围，但这时会被士兵与及直升机夹攻，GLAS可以应付士兵，而玩家需要控制HANA对付直升机。在这场战中直升机会以机枪作出攻击，玩家躲在墙后便可以避开它的攻击，但是当直升机的攻击停下来后，远处的士兵又会向墙壁扫射，这时只需跑到画面的中央便能在避开攻击，同时又可以对直升机攻击。只要依照上述的战法，便能轻易的将直升机击倒。
当HANA把直升机上的士兵击倒后，便会跳上直升机并把它控制，这时玩家需要操纵着GLAS一直往下方跑（千万不要对后方的追兵再作攻击，否则会因此赶不上直升机而GAME OVER ）。最后只要GLAS登上直升机后，便能与HANA离开林氏企业大厦了。
新目标
当HANA和GLAS离开林氏企业大厦后，便会和另一名同伴DEKE会合，他们会一同观看资料碟中的内容，在碟中他们看到林惠明早前已经离开林氏企业大厦，而且在碟中JIN更对HANA说如果要找到林惠明便先要找到陈夫人，这个陈夫人原来与HANA在过去曾经有一段交情，到底她们是什么关系就无人得知了，就在这时一辆汽车从后驾至，并把HANA所驾驶的汽车撞进了河中，幸好HANA他们没有什么大碍，于是他们便出发寻找陈夫人了。
地狱式的村庄
乘着小艇HANA一行人来到了一个好像被人袭击的村落，村庄已变成一片火海，而DEKE更在船上看到林惠明正身处于这村庄中，于是GLAS及DEKE立即上前追捕，而HANA则留在这儿看守，这时他会被双手持着刀的怪物袭击，这些怪物的数量非常之多，于是HANA先躲在一处暂避。
回说DEKE和GLAS那儿，他们正努力追捕林惠明，但DEKE会受到一名巨汉的攻击，不用一瞬间DEKE已经将他收拾，而在这巨汉的旁边可拾得一张纸人，但是当他拾得纸人后会受到三名怪物的攻击，由于它们的位置太过接近DEKE，所以需要先集中对一名怪物攻击，这样便能够走到空旷的位置将余下的两名怪物打倒。
至于继续追赶着林惠明的GLAS，会来到一条木桥上，由于后方的路会被大树挡着，于是GLAS唯有一直向前进，在这段路上需要小心路上的火焰，如果踏在这些火焰上，GLAS便会受到严重的损伤，所以在前进时大家要看准时机，当火焰熄灭后便立即前进，但是当GLAS走到尽头时，林惠明已经消失得无影无踪了……
村庄的秘密
本来HANA打算返回船上以避开怪物的袭击，可以HANA所带来的船经已被怪物所占据，于是她便在村中探索，找寻离开这个村庄的方法，沿着之前DEKE被人袭击的路继续前进，会来到一间小屋，在小屋中HANA将里面的两名丧尸击倒后，便能取得一条PO MON KEY，利用这条钥匙，HANA可以将另一端小屋的门开启，在里面会遇到一名老婆婆，她会告知HANA昨天有一名少女（林惠明）来到这个村庄，村民不小心将血沾在这惠明身上，之后惠明便出现一股神妙的力量，将村上所以的人都变成了怪物。本来老婆婆打算向每星期都乘火车来到这村庄的军人求助，但是军人实在太害怕那些怪物了，所以一有人接近火车的范围，军人便会立即将它们射杀，为了能够乘坐火车，于是HANA便立即向身后的火车站方向走去。
沿着老婆婆后方的门通道继续走，会来到被军方占据着的火车站，当来到火车站的门前时，会有士兵用枪指着HANA，这时需要立即在道具枪中使用浴巾WET TOWEL，这样HANA便会解开浴巾引起士兵的注意，而DEKE更会趁这时间将他杀死，DEKE会把之前所得的纸人交给HANA，让她调查纸人的情况，而DEKE则会自己走进火车站中，但是当DEKE走进车站后大门会立即锁上，于是DEKE唯有在这儿进行调查。
车站之战
在这个车站中，将会有不少的敌人等待着DEKE，但是以现时DEKE手上的武器，再加上在敌人身上取得的机关枪，要打败他们绝对不是一件难事，当DEKE来到其中一节列车的车厢后，会有一名手持机关枪的敌人向DEKE作出攻击，唯一能够避开这名敌人的方法，就只有走到画面右方的货柜后面，当他向地面扫射一轮后，便立即翻滚到画中央，当敌人走出来时可立即对他作出攻击，接着又回到货柜后方，只要按照这种战法便能轻易的把他击倒，并取得敌人所遗下的机关枪。
取得机关枪后离开车厢，击倒车厢前三名士兵便能够获得LADDER ACCESS CARD， 这张卡能够将车厢对面的楼梯降下来，但是利用这张卡将楼梯旁的电箱开启后，会发现一组电线，玩家需要将电线上的保险线放置在适当的位置，这样可以令旁边的楼梯降下，但是能够放置保险丝的位置那么多，哪一个才是所需的呢？既然目的是楼梯，那么一定是和那个刻有“LADDER”的插座有关，除了这插座外它更有一条蓝色的电线连接着“POWER”与及“LOCK3”两个插座，这三个插座就是这个谜题的关键了，首先玩家要将保险丝放在“POWER”与及“LOCK2”这两上插座上（但是要先记得将下方的电键关掉，否则便会被电伤！）开启电源后便能令楼梯的锁开启，之后再将保险丝放在“LADDER”与及它上方的“POWER”插座中，这样便能令楼梯降下来。
当DEKE爬上上层后，会遇到多名手持镰刀的敌人对他作出攻击，他们的速度非常之快，而且更会跳起避开敌人的攻击，玩家需要在它们接近DEKE时尽快把它们击倒，但是最需要留意的，就是如果踏出通道外，DEKE就会立即跌死。将所有敌人杀死后，镜头一转便会见到GLAS，几经艰辛他终于找到林惠明，但是由于林惠明要打破自己的命运，所以她会趁机会引出怪物在GLAS面前出现，而GLAS就眼巴巴的看着惠明在自己的眼前离开。
进入火车的方法
回到HANA那儿，现在她最主要的目的就是要找寻进入火车的方法，大家还记得之前曾经在某房间取得一条可以进入老婆婆房间的钥匙吗？返回这房间，在里面将敌人击倒后，会取得一条XI MON KEY，利用这钥匙便能够进入之前起点通往另一面的两间房中，在正前方的房间中，当HANA将所有敌人击倒后，便能取得一条TRAIN KEY利用它HANA就能进入车厢之中。
火车中的密码
在车厢中HANA会发现一个密码输入器，由于此时不清楚密码，所以先到四周找寻线索，在密码输入器的旁边会有一张字条，字条上除了一段文字外，在右上角更有一组号码“#0008C224B2N4”，其实这个就是需要输入的密码了，大家只需将这号码颠倒，然后在密码输入器由上至下，由左至右的输入“4N2B22C8000”，这样便能令火车启动起来，虽然DEKE会赶到车中，但是在车顶会有敌人向他们作出攻击，于是DEKE便会走上车项将他们击倒（车项上两名敌人的体力会较高，这一点大家要留意），而HANA则会继续驾驶着火车前进。
将车顶上的两名敌人收拾后，GLAS正赶到便会飞奔的赶追HANA，但是他没有登上火车上，而要告知HANA前方的路轨已断了一大截，如果火车还继续前进便会掉进悬崖中，HANA得知此消息后，于是立即跳车逃生，至于在车顶上的DEKE也发现火车正要掉进悬崖，但是已经太迟了，火车正高速地掉进悬崖中，这时玩家需要控制着DEKE，不断往下方走，这样便能从火车跳到路轨上，与HANA和GLAS会合。
再遇
当DEKE遇HANA和GLAS会合后，DEKE决定沿着火车的轨道继续前进，在路上会有不少的敌人出现，将他们击倒后便能取得一条TRUNK KEY，利用这条钥匙进入吉普车后，GLAS便会在里面遇到林惠明，惠明会希望GLAS能够带她到陈夫人那儿，只要能够遇到陈夫人，惠明答应任由GLAS处置，既可达成惠明的心原，又可以取得应有的酬劳，GLAS又怎会不答应呢？于是他先与HANA和DEKE会合，然后带惠明前往陈夫人那儿了。
诡计
随着林惠明的指引，HANA一行人会来到一间饭店，为了安全起见，GLAS自己一人带惠明进入饭店，而HANA和GLAS会留在这儿以应付突变的情况。当GLAS和惠明进和饭店后，遇到了惠明想见的陈夫人，但林先生也会在这时出现，他除了要带走惠明外，更将GLAS监困于杂物房中，在杂物房中玩家可以先取走货物架上的食油，然后将食油旁边的花瓶打破，这样会引起门外守卫的注意，接着再将食油倒在画面中央上方的一个方格内（如果将食油倒在其他位置就只有死路一条），刚巧守护会破门而入，这时玩家应该立即躲在房中的一角，当守护走至地上充满食油的方格时，便会自动摔在地上而死，拾取他遗留下来的枪，然后将走廓的守卫击倒，便会在门隙下看到林先生和陈夫人正带惠明进入饭店的内部中，至于饭店中的顾客也会被陈夫人的手下赶走，看来他们正有一件十分重要的事情要办呢？
潜入饭店
在饭店外，HANA和GLAS看到顾客正被人逐一赶出饭店外，心知事情不妙，他们于是决定分头调查，HANA会从正门进入，而DEKE则会从的后门潜入。爬过墙后DEKE会来到一处地上布满着玻璃的地方，从照明灯中大家可以清楚看到那些有很多都布满裂痕，如果DEKE一踏上去便会立即摔死，可是照明灯并不能将所有碎裂的玻璃一次显示出来，只要玩家细心的观看，便会看出有一条路线的玻璃是没有裂痕的，只要沿着这条路线前进，可进入饭
店的内部。
当DEKE成功潜入饭店后，镜头一转会返回GLAS那儿，这时他会位于厨师门前，然后被守卫开枪射杀，所以玩家应该先按着R2键伏低身子，然后慢慢前进，这样便能进入厨房中了（但是只要放开R2键便会立即被厨师发现，这一点玩家要非常小心）。虽然只要GLAS伏低身子，厨师是不会发现他的存在，但有时候厨师是会回头观看的，如果这时GLAS位于他们的视线范围内（即是地上那蓝色的地板），仍是会被敌人杀死，所以要趁厨师埋头工作时，立即以滚地移动穿过他们的视线范围。当来到厨房的尽头时，GLAS会看到一个消防系统，将它启动后便能将厨师赶出厨房，但同时也会引来多名敌人，在厨房中出现的敌人总共有三名，最初的两名只需以双枪同时攻击便可将他们打倒，至于另外一名敌人更简单，只需直接对他攻击，便能利用滚油将他杀死，并取得地方的机关枪，最后只要将大堂的敌人全部击倒，便能打开大门将HANA放进饭店中。
由于这件事情太过危险了，所以GLAS在与HANA会合后，决定找回DEKE后便立即离开这地方，至于惠明的生死GLAS全不理会，当然HANA不会让GLAS这样做，她认为应先找到惠明才离开。在无可奈何的情况下，GLAS唯有答应分头进入饭店中寻找惠明。这时，玩家可控制着HANA先进入到厨房中，里面设有防盗门，从门后的守卫得知这儿只有职员才能进入，于是HANA便进入对面的房间中，穿上留在这房间中的职员服，便能通过大门进入里面的通道（另外只要HANA不亮出武器，敌人是不会向她作出攻击，大家可以好好的保留手中的弹药）。穿过通道的楼梯来到了上层，进入由左方数过来的第二扇门，会在这里遇上DEKE，他也会主张立即离开这个地方，当然HANA仍然会坚持要寻找惠明的决定，就在这时一名守卫走进房中，并把HANA带去工作，而剩下就只有DEKE留在这房中。
